플레이어들은 코스믹 큐브를 사용해 세계를 지배하려는 닥터 둠을 막기 위해 캡틴 아메리카, 아이언맨, 블랙위도우, 울버린, 로켓 라쿤과 스파이더맨 등 50명 이상의 영웅으로 플레이를 할 수 있다. 게임 내에서는 각 영웅들에 따라 달라지는 깊이 있는 레벨업 시스템을 채용했으며, 마블 유니버스의 다양한 장소들도 게임 안에서 만나볼 수 있다. 또한 게임의 색다른 재미를 위해 컨트롤러를 이용하여 게임 플레이를 할 수 있는 기능도 지원한다.
마블 히어로즈 2016의 시나리오는 코믹계의 스타이자 울티메이트 스파이더맨, 데어데빌, 블록버스터 이벤트인 어벤져스 vs. 엑스맨과 시빌워 2 프로젝트 등에 참여한 브라이언 마이클 벤디스가 제작한 것으로 알려졌다. 이러한 시나리오를 바탕으로 게임 안에서 플레이어들은 생생한 그래픽, 세련된 전투 시스템과 함께 흥미로운 이야기를 그려갈 수 있다.